Quando se fala em porcentagem, há duas possibilidades de concordância, em duas frases distintas.
Caso 1: verbo concordando com o numeral
No caso de o sujeito da frase ser a própria porcentagem, não havendo nenhum outro adendo, o verbo deve concordar com o próprio numeral. Exemplos:
50% votaram no candidato do partido A.
1% votou para que a legislação fosse aprovada.
Vinte e cinco por cento não estão satisfeitos com as atitudes da polícia.
Caso 2: verbo concordando com a expressão partitiva
Se o sujeito da frase for a porcentagem seguida de uma expressão partitiva, ou seja, uma expressão que indique quantidade, o verbo deve concordar com ela. Exemplos:
90% dos eleitores rejeitam a legenda escolhida para a campanha.
21% dos alunos do colégio queriam que o professor fosse substituído.
Somente cinco por cento da empresa tira férias nesta época do ano.
Fonte: 1001 dúvidas de português, de José de Nicola e Ernani Terra. Editora Saraiva